ダウンロードしたモデルの立体構造のファイルをWaalsで表示します。ダウンロードしたファイル、MODEL_1.pdbをWaalsアイコンにドラッグするか、Openから開きます。


ダウンロードしたモデル構造のPDBファイルには、二次構造がアサインされていません。

リボンモデル等で表示するには、二次構造のアサインを行います。

SWISS-MODEL Repositoryは、自動化されたホモロジーモデリングのSWISS-MODELにより生成されたタンパク質立体構造のデータベースで、

Swiss Institute of Bioinformaticsにより開発されています。UniProtデータベースの配列に対する立体構造を有し、新しいテンプレート構造とモデリングアルゴリズムの改良を反映しながら、新しい配列を取り込んで、更新されています。

詳細は、SWISS-MODEL Repositoryのサイトをご覧下さい。また、お使いになる際には、以下のリファレンスを引用して下さい。

Kiefer F, Arnold K, Künzli M, Bordoli L, Schwede T (2009). The SWISS-MODEL Repository and associated resources.
Nucleic Acids Res. 37, D387-D392.

Jürgen Kopp and Torsten Schwede (2004)
The SWISS-MODEL Repository of annotated three-dimensional protein structure homology models.
Nucleic Acids Res. 32, D230-D234.

SWISS-MODEL Repositoryで立体構造モデルをダウンロードする

SWISS-MODEL Repositoryのページ

http://swissmodel.expasy.org/repository 

を開きます。

SWISS-MODEL Repositoryについて

赤い線で囲まれた部分に、アミノ酸配列のQueryを入力します。対象タンパク質のUniProtのAccession Numberやアミノ酸配列が入力できます。

3. 検索する

4. 検索結果を見る

          Altif        >         Waals    >          Q&A, 関連情報        >  SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

download model: as pdb の「pdb」をクリックして、モデルの立体構造データをダウンロードします。

ファイルはPDBフォーマットで、 ファイル名はMODEL_1.pdbになります。

ここでは、ヒトIntestinal-type alkaline phosphataseを

検索するため「PPBI_HUMAN」と入力します。


参考 UniProtのAccession Numberの「P09923」あるいはアミノ酸配列を入力しても検索できます。

立体構造がまだ決定されていないタンパク質でも、ホモロジーモデリングにより立体構造モデルが作成できる場合があります。 SWISS-MODELでは、SWISS-MODELのホモロジーモデリング手法により生成した立体構造モデルを公開しています。ここでは、そのデータベース、SWISS-MODEL Repositoryからモデルの立体構造をダウンロードする方法を紹介します。

1. SWISS-MODEL Repositoryのページを開く

2. 対象タンパク質のQueryを入力する

入力したタンパク質の立体構造モデルがある場合は、検索結果が表示されます。

SEARCH」をクリックして検索します。

5. モデルの立体構造データをダウンロードする

6. モデルの立体構造のPDBファイルをWaalsで開く

SWISS MODELでホモロジーモデリングを行うには

SWISS-MODELWEBサイトでは、ホモロジーモデリングを行うことができます。モデルを作成したい対象タンパク質のアミノ酸配列とテンプレート構造を入力すると、テンプレート構造に基づき、モデル構造を構築できます。テンプレート構造を指定せずに行うことも可能です。

SWISS-MODELのAutomated Modeでのホモロジーモデリングの手順をこちらのページで紹介しています。

お使いの際には、SWISS-MODELのサイトをご確認ください。

SWISS-MODEL Repository及びAutomated Modeでのモデリングについては、SWISS-MODELより許可を得て、リンク、ご紹介をしております。

SWISS-MODELを使用して変異体のモデル構造を作成し、Waalsを使用して変異による立体構造への影響について解析した例をご紹介しています。

ご参照ください。

  1. (1)Model 3D Structure」で、モデル構造について確認できます。


  1. (2)  このモデル構造は、テンプレート構造のPDB ID 1zedに基づいて生成され、アミノ酸一致度が87%、入力した対象タンパク質のアミノ酸配列の20-499残基に相当します。


  1. (3)    多量体やリガンドの情報が確認できます。


  1. (4) テンプレートに使用された立体構造のPDBデータを確認できます。クリックするとPDBサマリーページが開かれます。


  1. (5) モデル構造をダウンロードします。


  1. (6) 対象タンパク質とテンプレート構造とのアライメントが表示されます。