RCSB(USA) PDBのサイトのトップページ

http://www.rcsb.org/pdb　にアクセスします。

右図のサイトが表示されます。赤で示した部分に検索用の入力欄があります。

入力欄に分子名、著者名、UniProt Accession Numberなどのキーワードを入力します。

Everythingのままでの検索もできますが、著者名で検索する場合はAuthor、分子名で検索する場合はMacromoleculeなど検索のカテゴリーを選択して結果を絞り込むこともできます。

ここでは、例としてヒトのadenylate  kinaseを検索します。

入力欄に「adenylate  kinase」と入力すると候補が表示されます。 タンパク質名で検索したいので、Macromoleculeを選択し、returnを押すか、虫めがねアイコンをクリックします。

Protein Data Bank (PDB)では、テキストによるキーワード検索や著者による検索ができます。

ここでは、６５件のデータが検索されました。

Query Refinementsでは、生物種や酵素の種類等で検索結果を絞り込むことができます。（表示されていない場合は、右側の「Show」をクリックします。）

PDBサマリーページ

左から、「PDBファイルのダウンロード」、「PDBファイルをテキストで表示」、「JMOLで立体構造を表示」のボタンです。

画面をスクロールして、検索結果の一覧を表示します（左）。

PDB IDの下に表示されているボタンをクリックして、PDBファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示したりすることができます。PDB IDや項目をクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます（右）。PDBサマリーページからPDBファイルをダウンロードするには、こちらをご覧下さい。

アミノ酸配列で検索するには「アミノ酸配列の類似性でPDBファイルを検索する」を、モチーフで検索するには「様々な条件でPDBファイルを検索する」をご参照ください。

ここでは、Organismの項目でHomo sapiensを選択します。

検索結果が１５件に絞られました。

キーワードを入力すると、入力欄の下に候補が示されます。各項目をクリックして、検索結果を絞り込む事もできます。

検索結果の数

Everythingのままで、入力欄に論文のタイトルを入力します。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う