PDBの全てのデータには固有のPDB IDがつけられています。PDB IDは英数４文字からなっています。PDB IDが分かれば、目的の立体構造を検索できます。PDBデータを引用した論文には、使用したPDBデータのPDB IDが記載されています。

Protein Data Bank (PDB)には、現在9万件を超える立体構造データが登録されています（2013年7月現在92,505件）。ここでは、RCSB(USA) PDBのサイトをご紹介します。RCSB(USA) PDBのサイトのトップページは、http://www.rcsb.org/pdbです。

それぞれのPDBデータのサマリーページには、著者、文献、分子（タンパク質名）、生物種、リガンドの化合物など、そのPDBファイルに登録されている分子の情報が記載されています。このページから、各種フォーマットのファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示することができます。

Waalsで使用するタンパク質の立体構造データは、Protein Data Bank (PDB)フォーマットファイルです。

右は、PDBファイルの一部です。アミノ酸残基を構成する各原子のX, Y, Z座標が記載されています。

PDBからファイルをダウンロードしてご利用になる際には、トップページの左上のUsage / Reference Policiesをご覧下さい。

また、サイトに関するFAQはWebsite FAQに記載されています。

View in 3DをクリックするとJmolで立体構造を表示できます。Simple Viewer等、他のビューアも利用できます。

クリックしてダウンロードします。

PDB ID

原子

左からX, Y, Z座標

例えば、左の図の一行目は、

チェインAの１０番目のAspの窒素の原子の座標が

（35.563, 22.330, -0.508)である

という記載です。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う