RCSB(USA) PDBのサイトのトップページを開き、赤で囲った部分「Ligand」をクリックします。そのまま入力欄に入力することもできますが、「Option」をクリックすると、 リガンドを入力するフォームが表示されます。

リガンドの名前で、そのリガンドが結合した複合体のPDBファイルをProtein Data Bank (PDB)から検索することができます。

1. (1)Nameの欄に、リガンドの名前を入力します。ここでは、インフルエンザ治療薬の一つであるオセルタミビルが結合しているPDBファイルを検索するため、「oseltamivir」と入力しています。
   

2. (2)Submit Queryをクリックして検索します。

リガンドを含むPDBファイルの一覧が表示されます。デフォルトでは、リリースされた日が新しい順に並んでいます。

検索結果の一覧から、PDB IDの下に表示されているボタンをクリックしてPDBファイルをダウンロードしたり、立体構造を表示したりすることができます。 PDB IDや項目をクリックすると、そのデータのPDBサマリーページが開かれ、詳細を確認することができます。

矢印で示す部分、G39 is found In 15 entriesにより、

このリガンドが含まれるPDBファイルが１５件あることがわかります。

15 entriesをクリックして結果を表示します。

参考　Nameの入力欄の右側は、初期設定ではContainsになっています。Equals, Sounds likeに指定することもできます。

今回の例では、Containsを使っています。

右のページが表示されます。

Oseltamivir carboxylate :

(3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid

であることが確認できます。

右側のLigand Imageには構造式が表示されます。

PDBのChemical IDは「G39」です。

参考　Identifierの欄にPDBのChemical ID（例えば、ATP、HEMなど）を入力して、検索することもできます。

4GZP : Influenza virus neuraminidases H3N2 in complex with oseltamivir carboxylate

多量体をSpace-fillingで（左）、一本のチェインをリボンで（中央）、 リガンドのoseltamivir carboxylateをBall & Sticksで（右）表示した例。

4GZPのデータをWaalsで表示した例です。インフルエンザウィルスのノイラミニダーゼ（H3N2）に oseltamivir carboxylateが結合している様子がわかります。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う