以下の入力画面が開かれます。各項目に入力します。ここでは、Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 3のモデル構造を作成します。

SWISS-MODELでは、Webサイト上でホモロジーモデリング法により、アミノ酸配列の相同性が高いタンパク質の立体構造をテンプレートにして立体構造モデルを作成することができます。ここでは、「Automated Mode」でのモデリングの手順についてご紹介します。

SWISS-MODELはSwiss Institute of Bioinformaticsにより提供されています。ご利用にあたっては、SWISS-MODELのサイトより内容をご確認の上お使い下さいますようお願い申し上げます。

SWISS-MODELの参考文献については、トップページ http://swissmodel.expasy.org/ をご参照下さい。

SWISS-MODELのトップページ

http://swissmodel.expasy.org/ を開きます。

「Start Modelling」をクリックします。

1. (1)「Target Sequence」に作製したいモデルのアミノ酸配列（Fasta形式）あるいは、UniProtのAccession Codeを入力します。手元のアミノ酸配列のファイルをアップロードする場合は、「Upload Target Sequence File..」をクリックします。
   

2. (2)Project Titleは本解析のプロジェクト名です。好きなタイトルを入力します。ここでは、MP2K3_HUMANと入力します。
   

3. (3)アミノ酸配列が入力されると以下の画面になります。「Search For Templates」をクリックすると、入力したアミノ酸配列からモデルの基になるテンプレートの立体構造データを検索します。

次のページでは、モデリングの結果を確認し、モデル構造をダウンロードする手順をご紹介します。

様々な条件でPDBファイルを検索する

リガンドの名前でPDBファイルを検索する

SWISS-MODELの使い方

SWISS-MODEL Repositoryでモデル構造をダウンロードする

Automated Modeでホモロジーモデリングを行う

4. (4)検索が終わると結果が示されます。テンプレートに指定したいものを選択します。テンプレート構造を複数指定することも可能です。「Build Models」をクリックしてモデリングを開始します。

5. (5)手元のPDBファイルをテンプレート構造に指定したい場合は、入力の画面の右側の「Upload Template」をクリッックすると、「Add Template File ..」のボタンが表示されます。クリックして、PDBファイルをアップロードします。「Build Model」をクリックしてモデリングを開始します。