Waalsの特長

細かい操作はWorkspaceで

Workspaceは細かい作業をするスペースとしても適しています。 立体構造から一残基を選択したり、リガンドの原子をクリックするような細かい作業や、ラベルを貼ったり、距離を測定するには、予め、必要な構造をWorkspaceに取り出してから行うと便利です。Main-spaceに切替えれば、全体表示の作図も出来上がりです。

リガンドの近傍を取り出して見る

リガンドと結合している様子を詳しく見る時も、Workspaceが断然便利。原子やリガンドの近傍に存在する残基を検出してWorkspaceに取り出しましょう。原子から球状に選択する球ピックツールや、リガンド全体から近傍残基を検出するCompound Interfaceを使えば、指定した距離範囲にある残基だけを網羅的に選択できます。多くの原子に囲まれているリガンドも、近傍の残基だけを取り出せばこんなに見やすくなります。

必要な構造だけを取り出そう

Waalsの特長の一つが、必要な部分だけを別の領域に取り出すWorkspace機能。着目する残基が他の残基に隠れて見えない、拡大しても周辺の残基が多くて見たい残基がわからないなど、「見たい部分が見られない」時でも、Workspaceで解消してください。着目する部分をWorkspaceに取り出せば、驚くほど見やすくなります。全体構造と切替えて、全体の中の位置を確認しながら、同じ向きから着目する構造の詳細を調べることができます。

Workspace

Main-space

Compound Interfaceを詳しく　▶

「球ピック機能」を詳しく　▶

「距離を測定する」を詳しく　▶

Protein Kinase Aと阻害剤の複合体(2UZV)で、阻害剤のN26原子から半径7.0Å以内に存在するアミノ酸残基を

Workspace（右）に取り出した例。

Ras protein(5P21)で、GNPの全ての原子から半径4.0Å以内に存在するアミノ酸残基をWorkspace（右）に取り出した例。

もっと便利に

1. ページ機能
   

2. ライブラリ機能
   

3. 複数のPDBファイルを使う
   

保存する

1. Copy & PasteでFigureを作成
   

2. Waals書類でそのまま保存する
   

3. 図のイメージや立体構造座標を保存する
   

動画を作成する

1. 動画を作成する
   

2. 作成した動画

作図する

1. 基本の表示形式を設定する
   

2. 部分的にスタイルを設定する
   

3. 立体構造の向きや大きさをそろえる
   

分子間の距離関係を調べる

1. タンパク質と結合物との距離関係を調べる
   

2. チェイン間の距離関係を調べる
   

重ね合わせと比較

1. 立体構造を重ね合わせる
   

2. 立体構造を比較する
   

3. 重ね合わせ・比較機能を使って

トリプシン(3M35)の全体構造をMain-Space（左）に表示し、活性中心周辺と阻害剤をWorkspace（右）に取り出しています。